Setelah mendapatkan ikat kepala Nomor Satu, yang menyatakan dirinya sebagai pejuang terbaik, Afro menghabiskan sebagian besar hari-harinya dengan damai, meskipun malam-malamnya yang dipenuhi mimpi buruk tidaklah begitu tenang. Hidupnya kembali kacau ketika Jinno dan Sio, teman-teman lamanya, merampas ikat kepala itu darinya, beserta jasad ayahnya. Ditantang Sio untuk mengenakan kembali ikat kepala Nomor Dua dan membalas dendam atas perbuatan mereka, Afro memulai perjalanan lain sebagai pemakai ikat kepala tersebut—sebuah benda yang akan membuat siapa pun membunuhnya.
Afro Samurai: Resurrection mengikuti Afro saat ia bertarung dalam serangkaian pertempuran kedua melawan segala macam musuh, mengarungi lautan mayat di belakangnya agar ia dapat sekali lagi memuaskan dahaga balas dendamnya yang tak pernah berakhir.
