Ketika Zero Kiryuu yang hilang kembali ke Akademi Cross, Yuuki Cross merasa lega melihatnya selamat, tetapi menemukan bahwa Zero telah berubah dalam banyak hal. Sebagai hasil dari pilihan yang dia buat, Zero dihantui oleh penglihatan, dan dia berusaha mengungkap alasan di baliknya—tidak menyadari bahwa jawabannya mungkin jauh lebih dekat dari yang dia kira.
Segera Yuuki juga mulai disiksa oleh halusinasi mengerikan, dan dia mencari penjelasan tentang masa lalunya yang diselimuti misteri dari satu-satunya yang dapat memberikan kejelasan: vampir Pureblood Kaname Kuran, yang paling dekat dengan hatinya. Tapi apa yang akan terjadi ketika kebenaran akhirnya terungkap?
