Sangat mengerikan Meiko Mochizuki, mitra Digimonnya Meicoomon dipaksa untuk berevolusi menjadi Meicrackmon dan berada di bawah pengaruh jahat dalam prosesnya. Saat Meicrackmon menghilang untuk mendatangkan malapetaka di tempat lain, tampaknya Dunia Digital itu sendiri mulai menolak kehadiran Meiko dan Anak-anak Terpilih lainnya. Sambil menghindari berbagai musuh yang mengejar mereka, kelompok itu mencoba untuk menemukan jalan pulang.
Di dunia manusia, seorang utusan dari entitas misterius Homeostasis mengunjungi ayah Meiko dan Daigo Nishijima dari Badan Administrasi Incorporated untuk membahas asal usul Meicoomon. Utusan memberi tahu keduanya bahwa Homeostasis berencana untuk menghilangkan monster digital. Dengan demikian, mereka berharap untuk mencegah Digimon lebih lanjut terwujud di alam manusia—terlepas dari perasaan Anak-anak Terpilih tentang masalah ini.
