Beberapa waktu setelah peristiwa yang melibatkan Burst Linker Dusk Taker, Kuroyukihime teringat saat merekrut Haruyuki Arita ke program “Brain Burst”—sebuah aplikasi yang memungkinkan pemain mempercepat fungsi kognitif mereka hingga waktu seakan berhenti. Sejak kedatangannya, Haruyuki menjadi terkenal di antara Burst Linker lainnya dan telah membantu Kuroyukihime mencapai tujuannya untuk mencapai level tertinggi dalam permainan.
Saat pertempuran teritorial dengan legiun mereka, Nega Nebulus, Haruyuki dan teman-temannya dikeluarkan dari program setelah badai dahsyat dalam permainan. Di seluruh Tokyo, kamera keamanan tidak berfungsi, yang Kuroyukihime simpulkan terkait dengan glitch Brain Burst. Bertekad untuk memperbaiki masalah tersebut, Nega Nebulus harus merekrut legiun lain untuk menemukan sumber masalah dan memulihkan kemampuan akselerasi.
