Meskipun sudah setahun sejak Klub Renang SMA Iwatobi didirikan, belum ada anggota baru yang bergabung dengan klub tersebut. Sekarang Haruka Nanase dan Makoto Tachibana sudah menjadi siswa kelas tiga, bersama dengan teman-teman mereka yang lebih muda, Nagisa Hazuki dan Rei Ryuugazaki, mereka harus mencari cara untuk menarik anggota baru. Jika tidak, klub tersebut akan dipaksa tutup tahun berikutnya karena kekurangan anggota.
Sementara itu, dengan kelulusan yang semakin dekat, sudah waktunya juga bagi para siswa kelas tiga untuk memutuskan rencana masa depan mereka. Berbeda dengan teman mereka, Rin Matsuoka, kapten baru Klub Renang Akademi Samezuka yang bertekad untuk mewujudkan mimpinya menjadi perenang profesional, Haruka dan Makoto masih belum yakin dengan jalur karir yang ingin mereka ambil.
Masalah lebih lanjut muncul ketika seorang teman lama Rin, Sousuke Yamazaki, datang ke kota untuk belajar di Akademi Samezuka; kedatangan perenang yang baru saja direkrut itu menyebabkan ketegangan dalam hubungan antara dia, Rin, dan Haruka.
