Gintoki dan teman-teman Yorozuya-nya (atau lebih tepatnya, karyawan yang menderita pelanggaran tenaga kerja), Shinpachi dan Kagura, terus bertahan hidup di kota Edo yang futuristik dan dipenuhi alien. Mereka menerima pekerjaan apa pun yang dapat mereka temukan sambil berusaha untuk tidak terlibat dalam sesuatu yang terlalu berbahaya. Tetapi ketika Katsura, pemimpin pemberontak Joui dan kenalan lama Gintoki, menghilang setelah diserang secara brutal oleh seorang pembunuh tak dikenal, Shinpachi dan Kagura memulai penyelidikan tentang keberadaannya dan identitas penyerang. Sementara itu, Gintoki menerima pekerjaan yang tampaknya tidak berhubungan: pandai besi Tetsuya meminta Gin untuk mengambil pedang aneh dan kuat bernama Benizakura yang baru-baru ini dicuri.
Saat kedua penyelidikan secara bertahap bersinggungan, kru Yorozuya menemukan diri mereka di tengah-tengah konspirasi besar yang bergantung pada sifat jahat pedang Benizakura. Gintoki memutuskan untuk membawa pertarungan langsung ke markas musuh, dan bersama dengan beberapa sekutu tak terduga, memulai salah satu pekerjaan paling berbahaya yang pernah ada.
