Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tak terungkap dan tujuan sebenarnya dari pemimpin abadi Naraku, Utsuro, akhirnya terungkap. Dengan merusak cadangan Altana di beberapa planet, Utsuro berhasil memicu intervensi musuh terbesar Tendoshuu: Tentara Pembebasan Altana. Dengan Bumi sebagai medan pertempuran utama dalam perang antarplanet ini, rencana utama Utsuro untuk menghancurkan planet ini—dan dirinya sendiri—hampir selesai.
Serangan terhadap Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir untuk merebut kembali tanah para samurai. Dengan Yorozuya yang tidak terlihat, bakufu yang hampir runtuh, dan Shogun yang hilang, orang-orang benar-benar tak berdaya ketika Tentara Pembebasan mulai menjarah Edo atas nama membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.
Terjebak di tengah baku tembak antara dua kekuatan yang sama-sama dahsyat, bisakah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan mantan murid Shouyou Yoshida mengesampingkan perbedaan mereka dan menyatukan sekutu mereka untuk melindungi apa yang mereka sayangi?
