Di penghujung abad ke-19, ketika masa-masa kejam periode Bakumatsu berakhir, era Meiji baru menandai era restorasi Jepang. Setelah perang usai, pahlawannya yang tersohor, Hitokiri Battousai, menghilang tanpa jejak, hanya menyisakan legendanya.
Bertahun-tahun kemudian, seorang pengembara yang tampak biasa saja bernama Kenshin Himura bertemu Kaoru Kamiya, pemilik dojo lokal yang sedang kesulitan di Tokyo. Kaoru mengejar seorang Battousai yang mengaku dirinya sendiri, yang berkeliaran di jalanan, tanpa pandang bulu membunuh warga dan petugas polisi. Lebih lanjut, sang prajurit mengaku menggunakan Kamiya Kasshin-ryu—sebuah ilmu pedang yang dikembangkan oleh ayah Kaoru, yang berakar kuat pada esensi kehidupan, bukan kematian.
Kenshin memutuskan untuk membantu Kaoru mengalahkan si penipu dan memulihkan dojo ayahnya. Tanpa sepengetahuan siapa pun, Kenshin tak lain adalah prajurit sejati yang namanya masih menakutkan orang-orang. Meskipun Kaoru akhirnya mengetahui kebenarannya, sumpahnya untuk menebus sejarah pembunuhannya dengan melindungi yang lemah tanpa pertumpahan darah membuatnya tergerak, dan ia pun mempersilakan Kenshin untuk tinggal di dojo-nya. Namun, cita-cita Kenshin segera ditentang oleh hantu-hantu masa lalu dan musuh-musuh masa kini.
