Di permukaan, SMA Koudo Ikusei tampak seperti utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan sekolah ini menduduki peringkat tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya tidak seideal itu. Empat kelas, A hingga D, diberi peringkat berdasarkan prestasi, dan hanya kelas teratas yang menerima perlakuan istimewa.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah membuang siswa-siswa terburuknya. Di sana ia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya bahwa ia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan berkeinginan untuk naik sampai ke Kelas A, dan idola kelas Kikyou Kushida yang tampak ramah, yang tujuannya adalah untuk menjalin sebanyak mungkin teman.
Meskipun keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak; siswa di kelas dengan peringkat lebih rendah dapat naik peringkat jika mereka mendapat nilai lebih baik daripada siswa di kelas teratas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan metode apa pun yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah yang kejam ini, bisakah mereka menang melawan rintangan dan mencapai puncak?
