Captain Tsubasa adalah kisah penuh semangat tentang seorang siswa sekolah dasar yang pikiran dan mimpinya hampir sepenuhnya berputar di sekitar kecintaannya pada sepak bola. Tsubasa Oozora yang berusia 11 tahun mulai bermain sepak bola sejak usia sangat muda, dan meskipun bagi teman-temannya itu hanya sekadar olahraga rekreasi, baginya, itu berkembang menjadi sesuatu yang hampir seperti obsesi.
Untuk mengejar mimpinya sebaik mungkin sesuai kemampuan sekolah dasarnya, Tsubasa pindah bersama ibunya ke kota Nankatsu, yang terkenal dengan tim sepak bola sekolah dasar yang sangat baik. Namun, meskipun dia dengan mudah menjadi yang terbaik di kota lamanya, Nankatsu memiliki banyak persaingan, dan dia akan membutuhkan semua keterampilan dan bakatnya untuk menonjol di tengah kerumunan baru ini.
Dia tidak hanya menghadapi saingan, tetapi juga bertemu dengan teman-teman baru seperti gadis cantik Sanae Nakazawa dan kiper berbakat, Genzo Wakabayashi, yang memiliki passion yang sama dengan Tsubasa, dan akan terbukti menjadi teman yang berharga dalam membantunya mengejar mimpinya. Mewakili Jepang di Piala Dunia FIFA adalah mimpi tertinggi Tsubasa, tetapi diperlukan lebih dari sekadar bakat untuk mencapainya.
